Am Bạch Vân là một Trường đại tập nổi tiếng, sĩ tử khắp nơi đã đến đây theo học. Ông còn sáng tác nhiều thơ văn có giá trị, tuy vậy đến nay hầu như đã thất truyền nên chỉ còn lại tập thơ chữ Hán Bạch Vân Am thi tậpppp, tập thơ chữ nôm Bạch Vân quốc ngữ thi tậpppp và một số sấm vĩ tương truyền là lời tiên tri của ông. Do có nhiều công lớn, đầu đời Mạc Hậu Hợp, Nguyễn Bỉnh Khiêm được phong Thái phó, Thượng thư Bộ lại, Trình Quốc Công (bia chùa Cao Dương). Lúc ông mất, Mạc Đông Nhượng, phụ chính đại thần tự tay viết biển ngạch đặt ở đền dòng chữ Mạc triều trang nguyên tể tướng từừừừ.

Năm 1985, Uỷ ban nhân dân thành phố Hải Phòng đã phối hợp với Uỷ ban Khoa học Xã hội Việt Nam long trọng tổ chức kỷ niệm ngày sinh của ông. Nhân dịp này, Hội nghị khoa học toàn quốc về Nguyễn Bỉnh Khiêm do Hội đồng Lịch sử thành phố Hải Phòng và Viện Văn học chủ trì cũng được tổ chức. Nhân 500 năm ngày sinh Nguyễn Bỉnh Khiêm (1991), Chính phủ đã tổ chức lễ kỷ niệm với nghi thức Nhà nước tại Văn Miếu, Hà Nội. Hiện ông được xếp là một trong 13 danh nhân văn hoá lớn của dân tộc Việt Nam.

Đền thờ Trình Quốc Công tại Trung Am, xã Lý học, huyện Vĩnh Bảo đã được Nhà nước công nhận là di tích lịch sử - văn hoá cấp quốc gia. Để ghi nhớ những đóng góp lớn lao của ông, Uỷ ban nhân dân thành phố đã lấy tên ông đặt tên cho con đường lớn thuộc quận Ngô Quyền. Đồng thời, giải thưởng khoa học và giải thưởng văn học - nghệ thuật (cao nhất của thành phố) cũng đã được vinh dự mang tên Nguyễn Bỉnh Khiêm. Tượng của danh nhân Nguyễn Bỉnh Khiêm được dựng tại Khu di tích và Thư viện Khoa học tổng hợp với qui mô lớn.